สำหรับชื่อของศูนย์ ได้มาจากการหารือกับคณะทำงาน และเครือข่ายที่เกี่ยวข้อง และความจริงแล้ว คำว่า “ประชาสังคม” และ “องค์กรเอกชนสาธารณะประโยชน์” ในทางวิชาการแล้ว มีความหมายไม่ได้แตกต่างกัน แต่การใช้ในความหมายทั่วไป อาจจะมีความแตกต่างกันบ้าง และเพื่อให้ครอบคลุม จึงได้ใช้คำทั้งสองคำ ซึ่งน่าจะตรงกับคำในภาษาอังกฤษว่า non-state actors คำว่า องค์กรเอกชนสาธารณะประโยชน์ ตรงกับภาษาอังกฤษอีกคำคือ Non-profit organization แต่เมื่อแปลเป็นไทยว่า องค์กรไม่แสวงกำไร จะมีความหมายที่ไม่ครอบคลุม คือเป็นความหมายในทำนองขององค์กรการกุศล ดังนั้นศูนย์ฯ จึงใช้ชื่อดังกล่าว เพื่อให้ครอบคลุมภารกิจที่ศูนย์จะดำเนินงานในอนาคต